主に以下の点について検討する必要があります。
１．有期労働契約書に無期転換を意識した条項を設けること
２．空白期間の仕組みを理解すること

解説

無期転換ルールとは

有期労働契約であっても、１回以上の更新があり、更新によって５年超（※平成２５年４月１日以降に締結・更新されたものから起算）契約が継続する場合、労働者は無期労働契約に転換するよう求める権利を有するというものです（労働契約法１８条）。
会社としては、以下のような無期転換ルールへの対応を検討する必要があります。

有期労働契約締結時の条項

たとえば、このような条項を置くことが考えられます。
　・　不更新条項（他のQ&A参照）
　・　更新上限条項（５年を超えないように更新回数の上限を定める条項）

ただ、条項の有効性が争われるリスクがありますので、制限に対応した以下のような条項を置くことも検討すべきです。
　・　賃金を引き上げる
　・　特別手当を支給する

無期転換の申込みを放棄させることは難しい

法律上は、５年を超えて自動的に無期転換となるものではなく、労働者の申込みがあってはじめて無期転換の効果が発生します。
そのため、労働者に無期転換の申込みを放棄させることが考えられますが、この方法は無効とされる可能性が高いため、慎重な対応が必要です。

空白期間（クーリング期間）

無期転換ルールの基準となる５年の期間算定の際、前の有期労働契約と後の有期労働契約との間に以下の空白期間があれば、前の有期労働契約の期間は通算されなくなります（労働契約法１８条２項）。
・　有期契約期間が１年以上の場合　　６か月
・　有期契約期間が１年未満の場合　　２分の１した月数（１か月未満は繰上げ）

会社としては、空白期間経過後の再契約を条件に、合意解約を行うという運用にすれば、無期転換となりません。もっとも、このような合意解約は後に有効性が争われるリスクがありますので、再契約の労働条件を無期転換されないことの対価に見合った内容とする等の措置を講じた方が安全です。

参考

「労働契約法の施行について（抜粋）」（厚生労働省HP）