専門業務型裁量労働制（労働基準法３８条の３）を導入することが考えられます。
解説
専門業務型裁量労働制を導入すると、実労働時間に関係なく協定で定めた「みなし時間」を労働時間として取り扱うことができます。
導入のための要件は、①対象業務（１９業務）に該当すること、②従業員の過半数組合又は過半数代表者との間の労使協定の締結、③労使協定の労基署長への届出です。
ＳＥは、対象業務のうち「情報処理システムの設計の業務」に該当します。
但し、裁量労働として扱われるのは、業務遂行に裁量があることを根拠としているので、プログラムの設計又は作成を行ういわゆるプログラマーは含まれません。実態はプログラマーなのに、ＳＥと扱うことはできないので注意が必要です。
対象業務の具体的内容、労使協定において定める具体的事項、協定・届出書の記載例等は、以下を参考にされてください。
東京労働局労働基準監督署
なお、裁量労働者にも休憩・休日・深夜割増賃金の支払の規定の適用があること、法定労働時間を超えるみなし時間を定める場合には、上記協定とは別個にいわゆる三六協定の提出・届出が必要となることに注意してください。
