総会の招集通知を電磁的方法で行うことについては、会社法および同施行令が後記の参照条文のように定めています。
このため、
貴社としては、株主の住所に書面で、或いは、届出られている電子メールアドレスなどに、今後は電子メール（或いは他の電子コミュニケーションツール等）で招集通知および法定の付属書類を送ることについて承諾を求め、株主の承諾があれば以後はメールやツールを介して通知することができます。
株主の承諾を得たら、後日に備えてとりまとめて特定のフォルダなどに保存しておくべきです。
これは、会社法が許容している制度なので定款を変更する必要もありません。
承諾の効力は株主毎となりますので、特定の株主が電磁的な方法での提供を承諾しない場合には、その株主については従来どおり紙ベースで通知することになります。
参照条文：
会社法
（株主に対する通知等）
第１２６条 株式会社が株主に対してする通知又は催告は、株主名簿に記載し、又は記録した当該株主の住所（当該株主が別に通知又は催告を受ける場所又は連絡先を当該株式会社に通知した場合にあっては、その場所又は連絡先）にあてて発すれば足りる。
２ 前項の通知又は催告は、その通知又は催告が通常到達すべきであった時に、到達したものとみなす。
（株主総会の招集の通知）
第２９９条
３ 取締役は、前項の書面による通知の発出に代えて、政令で定めるところにより、株主の承諾を得て、電磁的方法により通知を発することができる。この場合において、当該取締役は、同項の書面による通知を発したものとみなす。
会社法施行令
（電磁的方法による通知の承諾等）
第２条 次に掲げる規定により電磁的方法により通知を発しようとする者（次項において「通知発出者」という。）は、法務省令で定めるところにより、あらかじめ、当該通知の相手方に対し、その用いる電磁的方法の種類及び内容を示し、書面又は電磁的方法による承諾を得なければならない。
二 法第二百九十九条第三項（法第三百二十五条において準用する場合を含む。）
２ 前項の規定による承諾を得た通知発出者は、同項の相手方から書面又は電磁的方法により電磁的方法による通知を受けない旨の申出があったときは、当該相手方に対し、当該通知を電磁的方法によって発してはならない。ただし、当該相手方が再び同項の規定による承諾をした場合は、この限りでない。
